新疆军区作为由陆军总部直管的副战区级单位，其部队类型多样，配置独特。

据悉，在军改中，陆军设立的7个预备役基地里，陆军第六预备役基地隶属新疆军区，级别为旅级（执行现役编制），主要负责预备役部队建设、服务保障等工作。

新疆军区设有侦察情报旅，这是与五大战区陆军相同的兵力配置之一。军改后，其下辖的边防部队仍由自己独立领导管理，未移交转隶西部战区陆军，且执行传统的“团 - 营”制，而非军改后流行的“旅 - 营”制。

信息保障旅和电子对抗旅这两类新质作战力量、高技术兵种部队，直属军区本级领导。信息保障旅承担通信保障（数据传输）、测绘导航、气象水文等多项职责；电子对抗旅则负责电子对抗侦察、电子干扰和反辐射摧毁等任务。

值得一提的是，新疆军区目前下辖全军仅有的4个现代化合成师，分别是天山雄师、高原劲旅、天山铁骑和新西兰红军师。合成师建制大于合成旅，兵力规模更大，在信息化程度和武器装备性能方面与合成旅一致，作战实力远超轻、重型合成旅，战力相当于两个集团军。

此外，新疆军区下属野战部队还包括若干个兵种旅（如防空旅）、若干个兵种团（如工兵团）等。